Chapter 36: Clinical microbiology

Näytteenotto Pumpulituppo, kurkku Neula, veri Putki, ohut-/paksusuoli Ulostenäytteet Virtsanäytteet

Nielunäyte pumpulituppo

Veri-/selkäydinäyte Tavallisesti, veri on steriiliä

Kolonoskopia/ sisätähystys (=endoskopia) paksusuoli mahalaukku

Kolonoskopia/ sisätähystys

Uloste- ja virtsanäytteet

Mikrobiston eroavaisuuksia limakalvo/uloste

Anaerobinen kuljetus Redox indikatori

Säilytys Viljely: +4°C, vähän aikaa Ulostenäytteet anaerobisesti Molekyylibiologiset tekniikat: -70°C, monta vuotta

Mikrobien identifiointi Virukset homeet/hiivat Bakteerit Riketsia, klamydia, mykoplasma Parasiitit

Virusten identifiointi Soluviljely Immunologiset tekniikat Fluoresoivat merkkityt vasta-aineet ELISA Lateksi agglutinaatio Molekyylibiologiset tekniikat PCR

Virusten identifiointi ELISA

Virusten identifiointi Lateksi agglutinaatio Virus Virus

Sieni/hiiva identifiointi Morfologia Biokemialliset ominaisuudet Calcofluor valkoinen värjäys (kiinnittyy kitiiniin)

Parasiittien identifiointi Suoraan näytteestä (mikroskopointi) Immunologiset testit Nematodit Plasmodium vivax (malaria)

Bakteerien identifiointi Selektiiviset mediumit: vain yksi bakteeriryhmä kasvaa, muuiden bakteerien kasvu estynyt Gram - Gram + Gram - Gram +

Bakteerien identifiointi Differentiaaliset mediumit MacConkey agar (selektiivinen ja differentiaalinen) Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli

Bakteerien identifiointi Rikastus liuos Jos näyte sisältää vähän bakteereja (veri, selkäydinneste, jne.). Bakteerien näytteenotto selektiiviset agarit differentiaaliset agarit

Gram värjäys Gram - Gram +

Bakteerien identifiointi biokemiset testit

Hiilihydraattifermentaattio Glukoosi + - Happo - + + - + Kaasu - - + - +

Katalaasitesti katalaasi H2O2 O2 + H2O

Oksidaasitesti Sytokromioksidaasin läsnäolo  aeroobeja

Liikkuvuustesti pehmeäagari

Koagulaasi- ja gelatinaasitesti verihyytymä Koagulaasi- testi Gelatinaasitesti - +

Ureaasitesti ureaasi Urea CO2 + 2NH3

Kittitesti

Riketsia, klamydia, mykoplasma Riketsia: immunologiset testit (ELISA) Klamydia: Giemsa värjäys Mykoplasma: vasta-aine titteri inclusion body

Testit ilman viljelyä Immunologiset testit DNA hybridisaatio Plasmidi sormenjälki 16S rRNA sekvenssi PCR

Immunologiset testit Bactigen Staphaurex (lateksitesti)

DNA hybridisaatio DNA probi Tuntematon DNA hybridisaatio substraati väri

Plasmidi sormenjälki

16S rRNA sekvenssi

AVAINSANAT (1) Näytteenotto Näytteensäilytys Virusten identifiointi: immunologiset tekniikat Sieni/hiiva identifiointi: Calcofluorvärjäys Parasiittien identifiointi: immunologiset tekniikat

AVAINSANAT (2) Bakteerien identifiointi: Biokemiset testit: selektiiviset, differentaaliset mediumit, Gram väräys Biokemiset testit: hiilihydraattifermentaatio, katalaasi-, oksidaasi-, liikkuvuus-, koagulaasi-, gelatinaasi-, ureaasitesti Viljetön testit Immunologiset testit, DNA hybridisaatio, Plasmidi sormenjälki, 16S rRNA sekvenssi, PCR