Isomeria jaetaan rakenne- ja stereoisomeriaan. Isomeereja ovat molekyylit, joilla on sama molekyylikaava, mutta niiden rakenne on erilainen. Rakenteen erilaisuudesta johtuu myös isomeerien toisistaan poikkeavat kemialliset ja fysikaaliset ominaisuudet.
Rakenneisomeria Eli konstituutioisomeria Stereoisomeria eli avaruus- isomeria Runko- eli ketjuisomeria Paikkaisomeria Funktioisomeria Cis-trans-isomeria Optinen isomeria Konformaatioisomeria
Runkoisomeerien hiiliketju on eri tavalla haaroittunut, vaikka molekyylissä onkin sama määrä atomeja. Esimerkki Molekyylikaavaa C5H12 vastaavat seuraavat rakenteet :
Paikkaisomeria on rakenneisomerian laji, jota esiintyy yhdisteillä joiden funktionaalinen ryhmä voi sijaita eri paikassa hiiliketjua tai aromaattista rengasta Esimerkki Molekyylikaavaa C5H10 vastaavat seuraavat rakenteet
Funktioisomeereillä on sama molekyylikaava, mutta erilaiset funktionaaliset ryhmät. Esimerkki Molekyylikaavaa C2H6O vastaavat seuraavat rakenteet