Bakteerien taksonomia Taksonominen hierarkia Domeenit – Fyylat – Luokat – Alaluokat – Lahkot – Heimot – Suvut – Lajit – Alalajit Yli 5000 lajia identifioitu Arvio: ehkä vain 0,01…1% olemassa olevista bakteereista tunnetaan Noin 16 000 bakteerikannan 16SrDNA sekvenssit on taltioitu Jos 16SrDNA sekvenssien samanlaisuus < 97% , kuuluvat vertailtavat bakteerit eri sukuihin Käsikirja bakteerien ominaisuuksista ja taksonomiasta Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species Classification order Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Bakteeriluokat, 1 Aquificae Thermotogae Thermodesulfobacteria G-, itiöttömiä, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja esim. Aquifex aeolicus (genomi) Thermotogae G-, itiöttömiä, anaerobeja esim. Thermotoga maritima (genomi) Thermodesulfobacteria G-, termofiilejä, aerobeja tai anaerobeja Deinococci yleensä G+, aerobeja esim. Deinococcus radiodurans (genomi) ja Thermus spp. Chrysiogenetes vain 1 laji Chloroflexi G-, aerobeja tai anaerobeja, fototrofeja Thermomicrobia 1 suku (Thermomicrobium) 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Bakteeriluokat, 2 Nitrospira Deferribacteres Cyanobacteria Chlorobia G-, kemoautotrofeja, esim. Magnetobacterium spp. Deferribacteres G-, kemoheterotrofeja Cyanobacteria fotosynteettisiä, pimeässä heterotrofeja, ennen sinilevät; esim. Synechocystis sp. (genomi) Chlorobia anaerobeja, fotosynteettisiä, rikkibakteereita Alfaproteobacteria G-, monipuolisia esim. Acetobacter, Gluconobacter, Zymomonas, Rhizobium, Nitrobacter Betaproteobacteria useita taudinaiheuttajia esim. Bordetella pertussis (hinkuyskä), Neisseria meningitidis (aivokalvontulehdus) Thiobacillus, Methylophilus, Nitrosomonas 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Bakteeriluokat, 3 Gammaproteobacteria Deltaproteobacteria esim. Legionella, Vibrio cholera, Pasteurella, Salmonella, Xanthomonas, Pseudomonas aeruginosa, Erwinia, Serratia, Shigella, Yersinia, E.coli Deltaproteobacteria pääasiassa anaerobeja, sulfaatin pelkistäjiä esim. Desulfovibrio Epsilonproteobacteria esim. Campylobacter jejuni (genomi), Helicobacter pylori Clostridia G+, lämpökestävien itiöiden muodostajia esim. Clostridium, Sarcina, Pectinatus Mollicutes esim. Mycoplasma ja muita patogeeneja Bacilli esim. Bacillus, Lactobacillus, Listeria, Streptococcus 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Bakteeriluokat, 4 Actinobacteria Planctomycetacia Chlamydiae proteobakteerien jälkeen lajirikkain, korkea GC-pitoisuus (guaniini + sytosiini DNA/RNA:ssa), monilla ilmarihmastoa esim. Mycobacterium tuberculosis, M. leprae, Corynebacterium, Actinoplanes, Propionibacterium, Saccharopolyspora, Streptomyces, Frankia, Bifidobacterium Planctomycetacia pieni luokka Chlamydiae taudinaiheuttajia C. pneumonia (hengitystieinf.), C. trachomatis (sukupuolitauti) Spirochaetes sis. parasiitteja ja patogeeneja esim. Treponema pallidum (kuppa) Fibrobacteres obligaatteja anaerobeja, G-, itiöttömiä 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Bakteeriluokat, 5 Acidobacteria Bacteroides Flavobacteria G-, aerobeja tai anaerobeja Bacteroides anaerobeja, suussa ja suolistossa Flavobacteria pääasiassa vesibakteereita, usein keltaisia Sphingobacteria esim. Cytophaga, Chitinophaga, lyyttisiä Fusobacteria esim. suussa (plakki) filamenttimaisia Verrucomicrobiae G-, sauvoja Dictyoglomi Dictyoglomus thermophilum, G-, ksylanaasi 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Teollisesti tärkeitä bakteereja Gramnegatiivisia: Escherichia coli (vieraiden proteiinien ja aminohappojen tuotto) Gluconobacter oxydans (C-vitamiinin ja etikan tuotto) Acetobacter aceti (etikan tuotto) Zymomonas mobilis (etanolin tuotto) Thiobacillus ferrooxidans (rautamalmien liuotus) Pseudomonas fluorescens (vieraiden proteiinien tuotto) Clostridium acetonutylicum (asetonin ja butanolin tuotto) Grampositiivisia: Bacillus subtilis (proteiinien ja entsyymien tuotto) Lactobacillus spp. (meijerihapatteet, probiootit) Lactoococcus lactis (hapate, diasetyylin (voin maku) tuotto) Corynebacterium glutamicum (aminohappojen tuotto) Streptomyces spp. (antibioottien, entsyymien tuotto) 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Taksonomiset tunnistusenetelmät Fenotyyppiset ominaisuudet ulkonäkö ja morfologia värjäystekniikat aineenvaihdunta ja trofiat suhtautuminen happeen lipidien kemiallinen koostumus kapselien muodostus ja niiden koostumus pigmenttien muodostus ja koostumus olosuhdetoleranssit patogeenisuus antibioottiherkkyydet symbioottiset suhteet elinympäristö 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Taksonomiset tunnistusenetelmät Genotyyppiset ominaisuudet GC-pitoisuus (guaniini+sytosiini/(adeniini+guaniini+sytosiini+tymiini; bakteereilla 20…80 %) 16SrDNA sekvenointi (DNAn monistus PCR:lla, sekvenointi, vertailu DB-da taan, => lajikohtaiset alueet paljastavia; jos ei min. 97% ident tisyyttä löydy => uusi laji) DNA-DNA hybridisointi (leimattu koetin (probe); sekvenssien samankaltaisuus => hybridisointi; >70% hybridisoituu => sama laji, >20…30% hybridisoituu => sama suku) 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Taksonomiset tunnistusenetelmät Ribotyypitys (ribotyping, ”molecular fingerprinting”) (DNA tai 16SrDNA katkotaan restriktioentsyymeillä, erotellaan pätkät elektroforeesilla FISH tunnistus (esim. kliinisistä näytteistä) (fluorescent in-situ hybridization; fluoresoivat 16SrDNA koettimet suoraan solujen sisään, mikroskopointi fluoresenssimikroskoopilla) 1.1.2007 Etunimi Sukunimi

Taksonomiset tunnistusenetelmät Lipidien kemia arkit vs. bakteerit (eetterilipidit vs. esterilipidit) rasvahappoanalyysit (rasvahapot uutetaan soluista, metyloidaan ja analysoidaan kaasukromatografisesti, verrataan tietokannoissa olevaan dataan) rasvahappomenetelmän ongelma: solujen rasvahappokoostumus vaihtelee solun kasvun aikana 1.1.2007 Etunimi Sukunimi