16.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka TF00AA46-2001.

Esitys aiheesta: "16.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka TF00AA46-2001."— Esityksen transkriptio:

1 16.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka TF00AA46-2001

2 Ei tarkalleen ottaen tarkoita samaa kuin yhden lajin kaikki GenBank tietueet: Tarvitaan myös sijainti kromosomistossa, sekä annotaatio! Genomitietokannat yhdistelevät tietoa useasta eri lähteestä Koottu genomi sisältää mm. Eri tavoin ennustetut geenit (automaattinen ennustus suoraan sekvenssistä) Lähetti RNA Proteiinit EST (expressed sequence tags)

3 NCBI Genome Assemblies and Resources http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome MapViewer http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/mapview Viral Genomes http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/VIRUSES/viruses.html UCSC Genome browser http://genome.ucsc.edu Ensembl http://www.ensembl.org

4 Ajan tasalla olevaa tietoa sekvensseistä Automaattinen geeni annotaatio rakennetulle genomille ~56 isompaa monisoluista lajialajia Lisäksi seuraavat tietokannat: EnsemblMetazoa EnsemblPlants ja EnsemblFungi EnsemblProtists ja EnsemblBacteria

5 Geenit/transkriptit/peptidi mallit koodaavat ja koodaamattomat (ncRNAs) Tunnukset muista tietokannoista (ID) Genomiin lokalisotuna cDNA:t, peptidit, DNA-siru sekvenssit, BAC kloonit jne. Muita genomin ominaisuuksia: Sytogeneetiset vyöhykkeet, markkerit, toistojaksot jne. Sytogeneetiset vyöhykkeet

6 Vertailevaa dataa: ortologit ja paralogit, proteiini perheet, koko genomin kattavat linjaukset, synteeniset alueet (syntenic regions) ortologit ja paralogitsyntenic regions Variaatiot: Esim. SNP Säätelyalueet: ENCODE projektista parhaimmat “arvaukset” (Encyclopedia Of DNA Elements) + ChIP-chip ja ChIP-Seq Infoa ulkopuolisista tietokannoista (DAS)

7 Virheitä korjaillaan jatkuvasti ja uutta informaatiota tulee aukkojen kohdalle Tärkeää saada korjaukset päivittymään kaikkien saataville organisoidusti, jotta kokonaiskuva voisi muodostua Geenien annotaatio manuaalisesti tehtynä lähes mahdoton → automattisesti tehtynä nopeaa, halpaa ja tarkkaa Sisältää myös manuaalista annotaatiota: Vertebrate Genome Annotation (VEGA) (Havana annotation group)

8 ENSG### Ensembl Gene ID ENST### Ensembl Transcript ID ENSP### Ensembl Peptide ID ENSE### Ensembl Exon ID MUS (Mus musculus, kotihiiri) : ENSMUSG### DAR (Danio rerio, seeprakala) : ENSDARG###, jne.

9 E-Videos Gallery http://www.ebi.ac.uk/2can/evideos/index.html