Syntyi Espanjassa. Hänen isänsä oli Espanjan armeijan kapteeni Cortés oli äitinsä puolelta inkavaltakunnan kukistaneen löytöretkeilijä ja konkistadori Francisco Pizarron serkku
Vuonna 1519 Cortés lähti vastoin Velázquezin määräyksiä valloitusretkelle Meksikoon, koska hän oli kuullut kertomuksia asteekkien intiaanikansasta ja näiden rikkauksista. Cortés nousi maihin nykyisen Veracruzin kohdalla ja perusti paikalle La Villa Rica de la Vera Cruzin kaupungin. Kuvernööri Velázquez määräsi Cortésin Espanjan kruunun etsintäkuuluttamaksi, joten Cortés julisti toimivansa Espanjan kuningas Kaarle I:n nimessä ja lähti viidentoista ratsuväen sotilaan, viidentoista kanuunan ja 400 jalkaväen sotilaan kanssa valloittamaan asteekkien valtakuntaa.
Asteekkien kuningas Montezuma oli antamassa saapuvalle espanjalaiselle lahjoja, kun oletti, että hän on mereltä palaava Quetzalcoatl-jumala (mahdollisesti ei tapahtunut)
Alun perin asteekit suhtautuivat tutkimusmatkailijoihin ystävällisesti, kunnes vuoden 1520 puolella espanjalaiset vangitsivat Montezuman ja vaativat asteekkien kuninkaasta kultalunnaita. Montezuman vangitsemisen jälkeen Cortés lähti Tenochtitlánista, koska Velázquez oli lähettänyt tutkimusmatkailija Pánfilo de Narváezn pidättämään hänet.
24. maaliskuuta 1520 Cortés kukisti Narváezin joukot Cempoalassa, minkä jälkeen hän palasi takaisin Tenochtitlániin. Kaupungissa oli käynnissä asteekkien kapina, koska Cortésin poissaollessa espanjalaiset olivat tappaneet asteekkien ylimystöä Tenochtitlánin suurimmassa temppelissä. Montezuma yritti Cortesin taivuttelemana puhua kapinallisille, mutta hän kuoli joko kapinallisten kivitykseen tai Cortesin toimesta
Cortes pakeni, mutta hän menetti 100 miestä. Hän alkoi hyökkäämään lähikaupunkeihin ja ryöstämään heidän kulta-aarteitaan ja alistamaan kansaa. Lopulta Cortes tuli takaisin, asteekit kukistettiin ja johtaja ja ylimykset hirtettiin. Kansa alistettiin ja perusti paikalle Meksikon nykyisen pääkaupungin Mexicon