Näytehallintajärjestelmä THL SAMWISE Näytehallintajärjestelmä 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

Terveyden ja hyvinvoinnin laitos - THL Yli tuhat terveyden, hyvinvoinnin ja sosiaali- ja terveyspalvelujen asiantuntijaa työskentelee Helsingissä, Jyväskylässä, Kuopiossa, Oulussa, Tampereella, Turussa ja Vaasassa. 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

Näytteitä hallinnoidaan 17 yksikössä 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen näytekokoelmat THL:lla on reilu 6 miljoonaa näytettä: Veri, DNA, seerumi, plasma, virtsa, kudos, hius, kynsi ja muita ihmisperäisiä näytteitä Bakteeri-, virus- ja homekantoja sekä muita mikrobiologisia näytteitä Vesi, ilma, pöly ja muita ympäristönäytteitä Eläinperäisiä näytteitä Tutkimusta, lakisääteistä, maksupalvelua, biopankkitoimintaa: Isot väestöaineistot (satoja tuhansia näytteitä/aineisto) Mikrobikokoelmat (satoja tuhansia näytteitä/aineisto) Ympäristönäytteet Pienet tutkimusasetelmat (satoja näytteitä/aineisto) Patologian näytteet, Isyysnäytteet, Huumausaine- ja alkoholinäytteet 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

Näytehallintajärjestelmät THL:ssa Itse kehitettyjä, kaupallisia, exceleitä, ruutuvihkoja 2000 -luvulla ensimmäinen useamman yksikön käytössä oleva näytehallintajärjestelmä SILO Maaliskuussa 2013 THL:n johtoryhmä päätti, että THL:lle tulee yksi yhteinen näytehallintajärjestelmä Samaa järjestelmää kehitetään myös THL Biopankin tarpeisiin Mahdollisuuksien mukaan myöhemmin myös LIMS toimintoja voidaan lisätä järjestelmään 2013 loppuvuodesta saatiin kehitystiimi kasaan ja uuden yhteisen näytehallintajärjestelmän kehittäminen aloitettiin 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Projekti Uusien projektien luonti Projektin tietojen katselu ja päivitys Projektikohtaisten asetusten määrittäminen mm. Projektissa käytettävät tarrapohjat Oletusarvoja näytetyypille, säiliön nimille jne. 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Näytteet Näyte ID (jokaisella putkella uniikki), näytetyyppi, jakoputken tunniste Yksittäisten näytteiden vastaanotto, näytteiden vastaanotto listalta Yksittäisten näytteiden luonti, näytteiden luonti listalta, näytteiden luonti massana Näytteiden sijoittaminen rasiaan: paikkatiedot Erilaisten tapahtumien ja ominaisuuksien lisääminen näytteelle Esim. sulanut, vastaanotettu, lähetykset Näytteiden jakaminen Näytteiden selailu ja näytteen tietojen tarkastelu Näytetyyppien hallinta 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Säiliöt Säiliö ID, säiliön tyyppi, säiliön mitat Säiliöiden luonti (yksittäin, monta, listalta) Säiliöiden sijoittaminen Säiliöiden selailu ja tietojen tarkastelu ja päivittäminen Erilaisten tapahtumien ja ominaisuuksien lisääminen säiliöille Esim. sulanut, vastaanotettu Säiliötyyppien hallinta 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Subjektit – näytteen oton kohde (ihminen, eläin, bakteerikanta, ympäristö) Subjekti ID, subjektin tyyppi Subjektien luonti (yksittäin, monta, listalta) Subjektien selailu ja tietojen tarkastelu Saanee lisää toimintoja biopankkiominaisuuksien kehityksen myötä Subjektityyppien hallinta 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Työjoukot Tallennettu lista näytteitä, rasioita, subjekteja, jolle voi suorittaa haluttuja toimintoja esim. lisätä sulatustieto kaikille työjoukon näytteille Työjoukkojen luonti, selailu, päivittäminen Kyselyt Erilaisia kyselyjä näytteistä, säiliöistä, projekteista ja niiden yhdistelmistä 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

SamWise – näytehallintajärjestelmä Tulostaminen ja tarrapohjat Eri toimintojen yhteydessä voi tulostaa tarroja näytteille, säiliöille ja subjekteille Administraattorit voivat määrittää, minkälaisia tarrapohjia missäkin projektissa käytetään Käyttöoikeudet Lukuoikeuksia, tallennusoikeuksia, projektikohtaisia oikeuksia, toimintokohtaisia oikeuksia 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen SamWise Vaatimusmäärittelyt: https://opensource.thl.fi/wiki05/pages/viewpage.action?pageId=52 47209 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen näytekokoelmat 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen Näytemerkinnät 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen Näytemerkinnät 19.1.2015 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen