Pohjois-Suomen biopankki Borealis -näytehallinta

Esitys aiheesta: "Pohjois-Suomen biopankki Borealis -näytehallinta"— Esityksen transkriptio:

1 Pohjois-Suomen biopankki Borealis -näytehallinta
Pia Nyberg

2 Vaihtoehtoja Perinteinen ruutuvihko tai excel-taulukko ei riitä biopankkitoimintaan Kaupallinen toimija; ostettuja lisenssejä tai pilvisäilytys kk-hinnalla… Itse tehty/räätälöity järjestelmä

3 Avoimia kysymyksiä paljon
Tuleeko keskitetty / kansallinen järjestelmä, johon biopankit voivat omalla aikataulullaan liittyä? Hlö-resurssitarve keskitetty järjestelmä vs. kukin tekee tai ostaa omaansa? Laajennettavuus, konfiguroitavuus ja yhteensopivuus! Pystytys ja ylläpitokustannukset Liittykö näytehallinta kuinka näyte- ja tietorekisteriin? Kansallinen järjestelmä voisi olla järkevä – säästää resursseja (rahaa ja hlö), tekee saatavuustietokannan hallinnasta varmaankin helpompaa. Yhteensopivuus muihin järjestelmiin/rekistereihin on tärkeä (näytteiden kirjaamisen helpottamiseksi/ löytymisen vuoksi)

4 Olemassa olevat/tulevat resurssit Oulussa
Tarve järjestelmälle 2015 loppupuolella Näytehallintaan saatu rahoitusta OY:n infrarahoista: Ei vielä käytetty kansallisen tilanteen selkiytymättömyyden takia Sekä rautaa että hlö-kulua Rahoituksen kohdetta voidaan muuttaa; haut tehty tietyillä oletuksilla IT-hlö vaihtumassa voi mennä 2015 puolelle Lisärahoitusta IT:hen haettuna/haetaan digitaalipatologiapainotuksella

5 Rahoitus 1: oletuksena kaupallinen ratkaisu ja synergiat Pohjois-Suomen syntymäkohorttien kanssa
Biopankin pystytysvaihe Toiminnan ylläpito Kaasufaasisyväjäädytystankki (AGA MVE1536P-190F, näytettä) € (alv 0%) telineitä ja laatikoita 4500 € viivakoodilukija 2500 € Kaasufaasinestetyppisäilytys 1810 €/v (alv 0%) ja kaasufaasinestetyppisäiliövuokra 4700 €/v ( alv 0%) Syväjääpakastinten ylläpito noin 1600 €/v Näytteenhallinnan ja prosessoinnin vaatima henkilöstö Arvio Pohjois-Suomen biopankin näytehallinnan pystytyskustannuksiksi: räätälöidyt näytehallintalisenssit esimerkiksi Softwarepointin Labwantage Biobanking- järjestelmästä € käyttöönoton vaatimat paikalliset henkilöstökustannukset: IT-järjestelmän räätälöintiin, pystytykseen ja käyttöönottoon (100% 10 kk 57 000 €, tästä osa käytetty) laboratorioasiantuntemukseen pystytys- ja pilotointivaiheessa (100% 3 kk € ) IT-ohjelmistojen ylläpidon ja kehittämisen henkilöstö IT-ohjelmistojen ylläpito (esim Softwarepointin Biobanking järjestelmä): 15% lisenssin hankintahinnasta/v Pilvipalvelulisenssi kansalliseen biopankkiverkostoon Tilojen muutostyöt: näytesäilytystilan ilmastointi ja kulunvalvonta, hälytysjärjestelmät ja etämonitorointi sekä rakenteelliset muutokset : 15 000 € Tilavuokrat (kylmäsäiliöhuone, soluviljelytilat, ja toimistohuone) Lähes aina suosisin yhteistyötä – mitä mieltä kohortit tästä? Tämänhän ei tarvitse johtaa mihinkään muihin jatkotoimenpiteisiin, voi jäädä vain yhteistyömuodoksi.

6 Rahoitus 2: oletuksena näytehallinannan linkitys patologian järjestelmään ja yhteistyö Tiedon kanssa
Biopankin pystytys Biopankkitoiminnallisuus potilastietojärjestelmään 50 000 €  Harmonisaatioprosessi: patologi 20% 12 kk = 19 000 € IT-asiantuntija 75% 12 kk = 33 000 € IT laitteisto- ja ohjelmistoinvestoinnit Sovellus- ja tietokantapalvelimet € Tietoliikennelaitteisto € Tilamuutokset sairaalan tietoverkko biopankin tuleviin tiloihin 5000 €

7 Tarpeita 1 Järjestelmä pystyy luomaan eri muotoisia ja kokoisia kylmäsäilytystiloja Pitäisikö biopankkiin siirrettyjen patologian arkistojen blokkien/lasien sijainti näkyä myös tässä? Kaikkien näytteiden hallintatiedot samaan paikkaan? Pystyy luomaan erilaisia bokseja ja räkkejä Voidaanko ottaa huomioon myös räkit, joissa säädettävät välit eli boksityyppi voi vaihtua? Tarrat näytteille, bokseille Anonymisointi (patologian B-koodit/tuorenäytteet) Rfid-teknologia? Mielestäni olisi hyvä, jos saadaan kaikki näytteiden hallintaan liittyvä tieto samaan paikkaan. Patologian blokeissa anonymisointi on B-koodeilla ja näistä pitänee luovutusvaiheessa tehdä uudet koodit anonymisoinnin vuoksi. 3. Kooditus/ anonymisointi tehtävä tuorenäytteiden kohdalla jo kirjausvaiheessa (näytteiden kirjaus/jääleikepisteen yhteydessä) – viivakoodit (tms) ja tarrat – miten tunnistuksessa rfid-teknologia????

8 Tarpeita 2 Erilaiset näytetyypit (kudos, jääblokki, veri, RNA, solulinjat jne Tyyppi voi myös muuttua: esim kudoksesta eristetään DNA Pitoisuus, solumäärä, tilavuus, mahdollinen laatutestaus Onko sulatettu aiemmin, säilytyksen aloitus-pvm Kenelle lähetetty? Milloin? Palautettu? Pitäisikö näkyä helposti myös kuinka monta emo+lapsi tai rinnakkaista putkea olemassa? Sama näyte-ID, mutta eri putki-ID:t Tarvitaanko myös luovuttaja-ID? Kaikki oleellista tietoa. Säilytyksen ajankohdan aloitus myös tärkeä tieto. Pitäisikö järjestelmässä olla myös häly tms. (blokkeja ajatellen lähinnä), että onko näyte palautettu sovitussa ajassa? Rinnakkaisputkista olisi hyvä olla merkintä (jopa oma alakoodi).

9 Tarpeita 3 Mahdollisuus ryhmittelyyn näytekokoelmiksi
Mahdollisuus löytää saman potilaan tai tautityypin näytteiden sijainnit Sijainti näytetään selkeällä tavalla, esim grafiikalla Poimittujen putkien tarkistus Myös joku paljain silmin luettava tunniste? Uusien näytteiden lisäys: järjestelmä ehdottaa paikkaa Ratkaisu: laatikko pudonnut ja putket levällään Raportointi: jos putkia hukassa Kirjaaminen ja käyttö nopeaa ja helppoa 

10 Ei-niin-kriittisiä tarpeita
Kaasufaasinestetyppisäilytyksessä riski pakkasten yhtäkkiselle hajoamiselle ja tarve siirtää ne varapakkaseen nopeasti pieni Robotiikkayhteensopivuus ei Oulussa vielä ajankohtaista