RNA-rakenteen ennustaminen - Circles 12.11.2003 Vesa Riihimäki S-114.500 Solubiosysteemien perusteet.

Slides:

Advertisements

Samankaltaiset esitykset

6 Digitaalisen materiaalin käyttöliittymästä

Advertisements

Kalakantojen arviointi (KALAT22)

S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 2 - Kim Björkman Optimointiopin seminaari - Kevät 2007 / 1 Yksiulotteiset kuvaukset.

Mikroliuska-antennit

YHDISTELMÄ-DNA-TEKNIIKKA

S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 3 - Riikka-Leena Leskelä Optimointiopin seminaari - Syksy 2005 / 1 2. Mallien rakentaminen.

Opasnet-kanta/Päivi Meriläinen1 Opasnet-kanta tietovarastona ja -lähteenä. Juomaveden terveysriskit ja kloorauksen sivutuotteet Päivi Meriläinen,

Sovellusprojekti Jyväskylän yliopisto Tietotekniikan laitos.

EBMeDS - Evidence Based Medicine electronic Decision Support Kortteisto Tiina Jousimaa Jukkapekka, Komulainen Jorma, Kunnamo Ilkka, Mäkelä Marjukka, Mäntyranta.

Solusimulaattorit S Laskennallinen systeemibiologia Sebastian Köhler.

The Virtual Cell Software: solun toiminnan mallintamista Liisa-Ida Sorsa S Solubiosysteemien perusteet

Suvi Karhu AUTO3070 Geneettiset algoritmit

Solun kemia BIOLOGIAN LAITOS, SEPPO SAARELA, 2010.

S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 16 - Jarto Niemi Optimointiopin seminaari - Kevät 2007 Kaaos differentiaaliyhtälöissä,

Tietohallinnon ja tietojärjestelmien kehittämisen perusteet

Suuntaamattoman graafin syvyyshaku

VAIHTOEHTOINEN SILMUKOINTI

XML -kielen perusteet SIMO Seminaari Antti Mäkinen.

Erilaiset liitokset FROM-osassa voidaan määritellä relaatio myös erilaisia liitosoperaatioita käyttäen Vasen, oikea ja täysi puoliliitos eli ulkoliitos.

Introduction to bioinformatics T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith Addison Wesley Longman Limited 1999.

Bioinformatiikan verkkokurssit

Orgaanisia molekyyleja Chemsketchillä

Graafialgoritmit laskennal- lisessa systeemibiologiassa Graph Algorithms in Computational Systems Biology Työn valvoja ja ohjaaja: Prof. Patric Östergård,

Ontologia Hanna Hirvonen. Käsite Ontologia ● Peräisin filosofiasta oppi olevaisesta ● Kuvaus tarkasteltavan sovellusalueen käsitteistä ja niiden välisistä.

Mittalaitteen tarkkuus Kun T-dataloggeri on Matlab-havainnollistusta myöten valmis…: Yleismittarien vertailua

Tutkijoiden ORCIDisointi - uhka vai mahdollisuus?

PELIEN SUUNNITTELUA ALGORITMIT JA NIIDEN SUUNNITTELU Jussi RaskuSeinäjoen Kansalaisopisto Aki Sirviö2014.

Opasnet päätöksenteon työkaluna Jouni Tuomisto, THL.

Etsintä verkosta (Searching from the Web) T Datasta tietoon Heikki Mannila, Jouni Seppänen

S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 9 - Jaakko Niemi Optimointiopin seminaari - Syksy 2005 / 1 Virittäminen (Tuning) s

Polymeerit Ovat aineita, jotka koostuvat pienistä molekyyleistä, monomeereista, jotka ovat liittyneet toisiinsa kovalenttisin sidoksin Polymeerien tarkat.

Visual Basic -ohjelmointi

Menetelmä Markowitzin mallin parametrien estimointiin (aihe-esittely)

Visual Basic -ohjelmointi

S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Lasse Johansson Systeemitieteiden kandidaattiseminaari – Syksy 2009 Vaikutuskaaviopelit Lasse Johansson.

Käyttöönottokaavio– Deployment diagram Vesa Jokikokko Tarmo Kemi TIK9SNA.

LDAP Lightweight Directory Access Protocol. LDAP ja sen rakenne Hakemistopalvelujen käyttöön suunniteltu protokolla Hakemistopalvelu on esim. autentikointitietoja.

Proteiinien matka suusta soluille

Miten abstraktin ilmiön kuvaaminen animaation avulla vaikuttaa fysiikan oppimiseen alakoulussa? Kandidaatin tutkielma.

Molekylaarinen laskenta Biolaskenta (Bioinformatiikka) Jussi Parkkinen Joensuun yliopisto.

Robustius Yleinen idea: jokin pysyy muuttumattomana vaikka jotakin muutetaan.

S ysteemianalyysin Laboratorio Aalto-yliopiston teknillinen korkeakoulu Esitelmä 22 – Jussi Kangaspunta Optimointiopin seminaari - Syksy 2010 Ohjaamaton.

Harjoituksia 3 X-bar –puut kohdan 3) lauseisiin. a) Tämän tarinan loppu on tavattoman yllättävä. S N’’ N’ N loppu N’’ N’ N tarinan N’’ N’ N tämän V’’

Solukalvon tarkka rakenne ja toiminta

Graafi G - terminologia Ei-tyhjä solmujen/kärkien (vertex) joukko V(G) Kaarien (edge) joukko E(G) Suuntaamaton (G 1 ), Suunnattu (G 2 ) solmu kaari.

Juha Knuuttila Bioinformatiikka TF00AA

Juha Knuuttila Bioinformatiikka. Käytä hakukenttiä ja hae sisältöinformaatiota oppaista (handbook, guide) tai help linkkien alta Yleisinformaatiota.

HIILIVEDYT IVA VITANOVA, SANNI SILVENTOINEN JA JONNA JALKANEN.

DNA:n & RNA:n rakenne ja toiminta

Solujen jakautuminen Solusyklissä vaihtelevat välivaihe ja jakautumisvaihe Solusyklissä vaihtelevat välivaihe ja jakautumisvaihe - yleensä välivaihe kestää.

5. Entsyymit pilkkovat ja rakentavat molekyylejä.

BIOS BIOS 2 jakso 1 Geenit ohjaavat proteiinien rakentumista 4 aminohappo DNA emäskolmikko geeni Golgin laite koodaava juoste lähetti-RNA mallijuoste Avainsanat.

BIOLÄÄKETIETEEN koulutusohjelma

Ruuansulatus Ihminen koostuu: vedestä, noin 63% painosta

LENTISTÄ LIIKKARILLA LA 5.4.

Eliöt rakentuvat soluista

Sp2-HYBRIDISAATIO.

MONIPUOLINEN HIILI Elollisen luonnon molekyylien runkoalkuaine on hiili. Sillä on kaksi ominaisuutta, jotka tekevät siitä alkuaineiden joukossa poikkeuksellisen:

15. Hiilihydraatit ovat hiilen, hapen ja vedyn yhdisteitä

Tilastollinen koneoppiminen -lyhyt oppimäärä-

5 Solun toimintaohjeet ovat geeneissä.

Kemian opetuksen päivät

Arvorekursio: monadit solmuun

Perinnöllisyystieteen perusteita

Liikennevirasto nopeat kokeilut

Esityksen transkriptio:

RNA-rakenteen ennustaminen - Circles Vesa Riihimäki S Solubiosysteemien perusteet

Mitä on RNA? zRibonukleiinihappo zYksijuosteinen sokeri-fosfaatti-ketju, jonka eri osat ovat sidoksissa toisiinsa muodostaen valesolmuja (pseudoknots) zRakenne monimuotoisempi kuin DNA:lla

Mitä on RNA? (jatkuu) zKolmiulotteinen rakenne vaikuttaa oleellisesti molekyylin toimintaan zEri muotoiset RNA:t toimivat solussa eri tavoilla => mRNA, tRNA, rRNA zFunktionaalisesti sama RNA voi koostua erilaisista sekvensseistä

Miksi ennustamme? zRNA:lla tärkeä rooli solubiologiassa zPyritään määrittämään eri sekvenssien funktioita zVertaillaan ja lajitellaan eri RNA- molekyylejä zVisio: Suunnitellaan uusia molekyylejä (lääkkeitä) hyödyntämällä laskennallista mallintamista

Graafit ja pariutus zGraafi koostuu solmuista ja niiden välisistä kaarista zSolmujen pariutus on riippumattomien kaarien poimimista zMaksimipariutuksessa mahdollisimman monta kaarta zNukleotidit solmuja ja ei-peräkkäisten nukleotidien väliset sidokset pariutuksen kaaria

Painotettu pariutus zKaarille voidaan antaa painot zPainotetussa pariutuksessa poimittujen kaarien painosummaa pyritään maksimoimaan zPainotuksena käytetään kahden nukleotidin välisen sidoksen todennäköisyyttä

Circles zWindows-ohjelma RNA:n sekundäärirakenteen ennustamiseen zKäyttöliittymä Jack Tabaskan painotetun pariutuksen komentoriviohjelmiin zTuntee FASTA, Clustal, ja NEXUS muodot zTulokset nähtävissä “Circle plot”- muodossa (sekvenssiympyrän jänteet)

Circles - laskentamalli zNukleotidien välisille sidoksille annetaan arvot käyttäjän parametrien ja syötetyn datan mukaisesti zEtsitään painotetun graafin maksimipariutus jalostetulla ahneella algoritmilla zLaskentatehokkuus ~O(N 3 )

Circles - datan syöttö 12S rRNA

Circles - laskentaparametrit

Circles - tulokset zPerusvisualisointi zTulosten visualisointiin on kehittyneempiä ohjelmia (ks. ohjelman manuaali)

Lähteet ja linkit zPage; Circles: Automated RNA analysis zPage; Circles: Automating the comparative analysis of RNA secondary structure; Bioinformatics, Vol 16: screenpdf/16/11/1042.pdf zTabaska, Cary, Gabow, Stormo; An RNA folding method capable of identifying pseudoknots and base tribles; Bioinformatics, Vol 14: