23.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka. Käytä hakukenttiä ja hae sisältöinformaatiota oppaista (handbook, guide) tai help linkkien alta Yleisinformaatiota.

Esitys aiheesta: "23.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka. Käytä hakukenttiä ja hae sisältöinformaatiota oppaista (handbook, guide) tai help linkkien alta Yleisinformaatiota."— Esityksen transkriptio:

1 23.3.2011 Juha Knuuttila Bioinformatiikka

2 Käytä hakukenttiä ja hae sisältöinformaatiota oppaista (handbook, guide) tai help linkkien alta Yleisinformaatiota löytyy myös etusivujen kautta Monesti sivustoilta löytyy hakukenttä josta voi etsiä mitä sivustoilta löytyy esim: Käytä Googlea ja Wikipediaa yms. AcaWiki - acawiki.org Google scholar - scholar.google.fi/

3 Bioinformatics Factsheet: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/bioinformatics.html Database resources of the National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D5-16. PMID: 19910364

4 Open Reading Frame Finder Spidey Splign Electronic PCR Erilaiset BLAST ohjelmat Influenza Virus Resource VecScreen Trace MegaBLAST Cobalt The Conserved CDS database Genome Workbench Sequence Submission and Editing Tool

5 GenBank PubMed PubMed Central Molecular Structure Database The Taxonomy Project dbSNP GEO OMIM Searchable Biomedical Books The SKY/CGH Database for Spectral Karyotyping and Comparative Genomic Hybridization Data dbMHC NCBI BioSystems Database Peptidome

6 PubMed sisältää käytännössä ottaen kakki lääketieteen, molekyyli-, solubiologian ja biokemian alan tieteellisten julkaisujen tiivistelmät mahdollisesti linkki kokonaiseen artikkeliin PubMed Central Sisältää tiivistelmän lisäksi koko artikkelin tekstin kaikkien luettavana. NCBI:llä ei kuitenkaan ole lupaa jakaa kaikkia kokonaisia artikkeleita omilta palvelimiltaan, joten PMC on huomattavasti pienempi kuin PubMed tietokanta

7 Proteiinien aminohapposekvenssit Swiss-Prot osuus tarkistettua infoa vähän niin kuin refseq Amos Bairoch + iso joukko asiantuntioita TrEMBL Translated EMBL vähän niin kuin GenBank mutta siis Translated l- transloitu kodoneista aminohapposekvensseiksi

8 Kaikissa näyttää olevan samantyyppinen 3’ pää Huom eri asia kuin stop codon

9 http://www.youtube.com/watch?v=D3fOXt4MrOM http://www.youtube.com/watch?v=FVuAwBGw_pQ

10 GenBankRefSeq Ei tarkistettuTarkistettu Artikkelin julkaisijat laittavat tietokantaanNCBI luo saatavilla olevista sekvensseistä Vain sekvenssin ilmoittaja voi muuttaa sekvenssiä NCBI korjaa sekvenssiä sitä mukaa kun uutta tietoa tulee (joukko biologeja ja bioinformaatikkoja) Monia päällekkäisiä sekvenssejä samasta genomisesta lokuksesta Yksi tietue yhtä molekyyliä varten jokaista tietokannassa olevaa organismia kohden Sekvenssit voivat olla ristiriidassa keskenään Kaikki organismit mukana mistä sekvenssejäkin on laitettu tietokantaan Limited to model organisms Data exchanged among INSDC membersVain organismit jotka NCBI on päättänyt sisällytää tietokantaan Primääri artikkeli (alkuperäinen julkaisu)Vähän niin kuin katsaus artikkeli (review article) Protetiinit tunnistetti ja linkattuProteiinit ja eri transkriptit tunnistettu ja linkattu

11

12 Joten sillä ei tiedetä olevan ensyymiaktiivisuutta Kuitenkin löytyi geeni/proteiini/entsyymi joka pilkkoo BDNF:ää: membrane-bound transcription factor peptidase, site 1 Muitakin on (furin, plasmin…)