T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 1 4. DNA tietokannat.

Slides:



Advertisements
Samankaltaiset esitykset
Solujen pakastus (varastointi)
Advertisements

Julkaisuportaalin prototyyppi Tutki-ohjausryhmä, Jyrki Ilva
YHDISTELMÄ-DNA-TEKNIIKKA
Chapter 36: Clinical microbiology
S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 26 – Kerttu-Liisa Kilpijoki Optimointiopin seminaari - Syksy 2005 / 1 Sovelluksia Kerttu-Liisa.
Asuntolaina-markkinat suomessa
SUOMEN PANKKI | FINLANDS BANK | BANK OF FINLAND Yritysrahoituskysely 2012.
Päätösanalyysia ja riskinhallintaa tapausesimerkin kautta Jouni Tuomisto, Mikko Pohjola THL.
Michael Sundvist, Jussi Huttunen, Tommi Vekkilä, Antti Raessalo TV10s1
Opasnet-kanta/Päivi Meriläinen1 Opasnet-kanta tietovarastona ja -lähteenä. Juomaveden terveysriskit ja kloorauksen sivutuotteet Päivi Meriläinen,
Luento 6-TJT-A26-Tietotyö ja sen välineet-SYKSY TJT-A26 Tietotyö ja sen välineet
Luento 6-TJT-A26-Tietotyö ja sen välineet-SYKSY TJT-A26 Tietotyö ja sen välineet
Syksy 2001Johdatus bioinformatiikkaan / T. Pasanen 1 7. Monirinnastus Geeni perhe: ryhmä läheisiä toisilleen sukua olevia geenejä, jotka koodaavat samankaltaisia.
Syksy 2001Johdatus bioinformatiikkaan / T. Pasanen 1 8. Haku sekundääritietokannoista Samankaltaisten jonojen etsintä tehokasta primääritietokannoista,
VAIHTOEHTOINEN SILMUKOINTI
Finna ja avoimen metadatan lisenssi Finnan konsortioryhmä Tapani Sainio, Kansalliskirjasto.
Hakemistorakenteet biologisille aineistoille
Syksy 2001Johdatus bioinformatiikkaan / T. Pasanen 1 6. Kahden jonon rinnastus Sekvenssitaso (DNA, proteiini): identiteetti, samankaltaisuus, homologia.
Syksy 2001Johdatus bioinformatiikkaan / T. Pasanen 1 Sekvenssointi eli Genomien kokoaminen Kohdejonon pituus tavallisesti Kbp (pituus tiedetään.
Asteri-auktoriteettitietokanta Minttu Hurme / KVP, tietojärjestelmät Fennica-Melinda työpaja
S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 3 - Outi Somervuori Optimointiopin seminaari - Kevät 2010 The trouble with choice: Studing.
T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan
Introduction to bioinformatics T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith Addison Wesley Longman Limited 1999.
Bioinformatiikan verkkokurssit
Graafialgoritmit laskennal- lisessa systeemibiologiassa Graph Algorithms in Computational Systems Biology Työn valvoja ja ohjaaja: Prof. Patric Östergård,
Muuttujat ja vakiottMyn1 Muuttujat ja vakiot PHP-kielen syntaksi on lainattu suurimmaksi osaksi C- kielestä. PHP on erityisesti HTML-dokumenttien sisään.
Amiram D. Vinokur & Michelle van Ryn Social Support and Undermining in Close Relationships: Their Independent Effects on the Mental Health of Unemployed.
LISp_miner ohjelman voi ladata osoitteesta: Sijoita se asemaan C:\ Olkoon meillä seuraava tenttiä koskeva tiedosto (tekstitiedosto.
Johdatus bioinformatiikkaan
SUOMEN PANKKI | FINLANDS BANK | BANK OF FINLAND Katsaus syksyn rahamarkkinoihin ja tämän päivän tilanne Eteran asiakasraadin kokous Johtokunnan.
Geenit.
Biotietokannat Alkuperäismateriaalit: Rainer Lehtonen Eija Korpelainen, CSC Science Support/Biosciences Theresa Attwood, University of Manchester WWW –
ict1td002 - Copyright Raine Kauppinen 1 Tietovirrat  Tietovirran käsite  Tietovirtojen käyttö  Tekstitiedoston luku  Tekstitiedoston kirjoitus.
TEKNILLINEN KORKEAKOULU KIRJASTO Viitteidenhallintaohjelmat Kirsi Heino.
Veijo Nikkanen: Sisällön ja rakenteen saavutettavuus Kaikille hyvä -koulutus 5. ja Selko-e Sisällön ja rakenteen saavutettavuus Veijo Nikkanen.
Tietokantayhteys / DSN DSN (Data Source Name), eli ennalta määritelty ja nimetty tietokantayhteys.
Tietokantayhteys / DSN DSN (Data Source Name), eli ennalta määritelty ja nimetty tietokantayhteys.
1 2. Tietoverkot Internet: maailman laajuinen verkko tietokoneverkoista Transmission Control Protocol/Internet Protocol (TCP/IP) Tieto lähetetään paketteina.
Algoritmit ja koneoppiminen (ALKO)
Keskusmuistitietokantahakemistot Vilho Raatikka Solid Information Technology Tietokannat NYT! Helsinki,
Kottarainen Jyväskylän yliopisto - Sovellusprojekti WWW-pohjainen kyselysovellus.
Asteri -demo Minttu Hurme, Kansalliskirjasto/Kirjastoverkkopalvelut Asiantuntijaseminaari
Molekylaarinen laskenta Biolaskenta (Bioinformatiikka) Jussi Parkkinen Joensuun yliopisto.
AS Automaatio- ja systeemitekniikan projektityöt A11-17 Ikäihmisten kotona asumista tukevien järjestelmien kehittäminen Ovivalpas väliraportti Mathias.
Johdatus ohjelmointiin – if -lause Tutkijayliopettaja Manne Hannula Opetusharjoittelu (ohjaava opettaja Jukka Jauhiainen)
SUOMEN PANKKI | FINLANDS BANK | BANK OF FINLAND Talouden haasteet Johtokunnan varapuheenjohtaja Pentti Hakkarainen Suomen Pankki 1.
Juha Knuuttila bioinformatiikka
Juha Knuuttila Bioinformatiikka TF00AA
Asuntolaina-markkinat suomessa
Juha Knuuttila Bioinformatiikka. Käytä hakukenttiä ja hae sisältöinformaatiota oppaista (handbook, guide) tai help linkkien alta Yleisinformaatiota.
Hanna Lounela KLASSINEN SIKARUTTO JA AFRIKKALAINEN SIKARUTTO Kuva: Wikipedia Kuva: Hanna Lounela Kuva: Katri Kaaro.
Datan avaamisen ohjeistus  Tarkoituksena tukea datan avaajia ja hyödyntäjiä  Tarjoaa hyviä käytäntöjä, suosituksia, työkaluja ja case-esimerkkejä sekä.
Avoin data, TK ja virallinen tilasto
BIOLÄÄKETIETEEN koulutusohjelma
Tilastoja Vantaalta Väestö-, rakentamis- ja työttömyystiedot päivittyvät seuraavan kerran lokakuun lopussa Työllisyysastetta kuvaavat ¼-vuositiedot.
Asiakas- ja potilastieto yhteiseen käyttöön
Nuuska.
Kotitehtävä Määritelmät: Käyttötavat (sovellukset)
A B C D E F G A B C D E F G A B C D E F G A B C D E F G
11. Perinnöllisyys ja ympäristö
Kaikki säätiedot yli sääasemalta Anton Mikkola
Harjoitus 4.2: muotojen koko ja päällekkäisyys
5 Solun toimintaohjeet ovat geeneissä.
Harjoitus 4: raha ja talous
Mikä on elämänkatsomus?
TDK / Faculty Tunniste / Code Tentti / Exam ECTS cr Rivi / Row TTK/PYA
Digitaalisaation mahdollisuudet teollisuudessa
BIOLÄÄKETIETEEN koulutusohjelma
18. TUPAKOINTI VAARANTAA TERVEYDEN
SQL-tietokannan Paivitystyokalu Java-kielellä Projektiraportti
Esityksen transkriptio:

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 1 4. DNA tietokannat

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 2 EMBL EBI:n ylläpitämä, muoto samanlainen kuin SWISS-PROT Kannoissa EMBL, GenBank ja DDBJ samat tiedot Sekvenssien määrä kaksinkertaistuu kuukauden aikana, mutta yli 50% niistä on peräisin muutamasta organismista kuten ihminen, hiiri ja hiiva

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 3 DDBJ DNA Data Bank of Japan, aloitettu 1986

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 4 GenBank M M90100

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 5

6 dbEST GenBankin osa joka sisältää EST datan ja siihen liittyvät kommentit

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 7 Erikoistuneet genomikannat SGB (Saccharomyces, hiiva, ens. aitotumallinen), UniGene (ihminen), TDB (TIGR database), ACeDB (

T. Pasanen / Johdatus bioinformatiikkaan 8