The Virtual Cell Software: solun toiminnan mallintamista Liisa-Ida Sorsa S-114.500 Solubiosysteemien perusteet 13.11.2002.

Slides:



Advertisements
Samankaltaiset esitykset
E4X © Reiska, JavaScript  Keksittiin 1995 (Ensin Netscape 2 selaimeen: Mocha  LiveScript  JavaScript)  Standardoitiin vuonna 1997  ECMA-262.
Advertisements

Tietokannat: MySQL ja PostgreSQL. Yleistä • Relaatiotietokantaohjelmisto, jolla voidaan luoda, ylläpitää ja muuttaa ja hallinnoida tietokantoja • Avoin.
Tietokoneen käyttöjärjestelmä
Ohjelmistokehitys Viikko 2 Mika Salo Pekka Valtonen Asmo Voutilainen
SkyDrive ja Office Web Apps –sovellusten käyttäminen
JavaScript oliot © Reiska, DOM Oliot  JavaScript sisältää paljon valmiita DOM olioita, on sisältänyt jo DOM level 0 (ns. Legacy DOM) alkaen  WWW-ympäristössä.
JavaScript (c) Irja & Reino Aarinen, 2007
OULU ADVANCED RESEARCH ON SOFTWARE AND INFORMATION SYSTEMS Teppo Räisänen | Oulun yliopisto Facebook API Teppo Räisänen Tietojenkäsittelytieteiden.
Suunnitelma ohjelmiston testaukseen
Luokkakaaviot Luokkakaaviot Tekninen suunnittelu.
Psykologisen mittarin rakenteen tilastollinen analysointi
Web-sovellusten arkkitehtuurit K1103TK CodeIgniter - perusteet Jouni Juntunen.
Julkaisukielet ja - tekniikat tMyn1 Julkaisukielet ja -tekniikat •Verkko-ohjelmointi voidaan jakaa kahteen osaan: asiakaspuolen ja palvelinpuolen ohjelmointiin.
Erik Fallenius Kevät  Taustaa ◦ Ontologiat  Tavoitteet  Teknologiat ◦ Dojo/AJAX ◦ JSON ◦ SOAP  Projektin kulku  Lopputulos – demo.
1 Taulukot. 2 Miten taulukoita tehdään n WYSIWYG-editorien työkalut n HTML [border]… n Excel etc. Save as html.
Valitse sanomapalkissa Ota muokkaus käyttöön,
Graafinen käyttöliittymä, osa 2
Maria Pinjanainen, LPT "Love hides in the molecular structures..."
Java-ohjelmointikieli -Javasta ohjelmointikielenä -ohjelmontivälineistä -opasteista.
VB:n tietokantakäsittely
Solusimulaattorit S Laskennallinen systeemibiologia Sebastian Köhler.
RNA-rakenteen ennustaminen - Circles Vesa Riihimäki S Solubiosysteemien perusteet.
Windows Presentation Foundation UxE:n näkökulmasta
Ketterä kehitys käytännössä – TFS & Meteor
A Linux -järjestelmät WINE-API SEKÄ VIRTUALISOINTIOHJELMISTOT
WWW-sivuston luominen
SoberIT Software Business and Engineering Institute HELSINKI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY Kokemuksia väitöskirjan tekemisestä Marjo Kauppinen.
Vaasan yliopisto Tietojenkäsittely TiTe.1020 Ohjelmat.
Johdatus ohjelmointiin Ohjelmistosuunnittelu Jaana Holvikivi.
Käyttöjärjestelmien käynnistyminen
Virtuaalisointi.
Monipuolista alakoulun kemian opetusta.
Web 2.0 tiivistetysti 1. Ohjelmistoalusta on Web. Webtop korvaa Desktopin. Keskeistä yhteisöllisyys ja ”Software as a Service”. 2. Kollektiivisen älyn.
S09-10 Onki-palvelut verkkoportaalissa Spring 2009 Erik Fallenius.
Matematiikkaa tietokoneella mikko opettaa Sagen avulla matematiikkaa ja ohjelmointia
Seniorit tiedon valtatiellä
Windowsin Historia. Yleistä historiaa Windows kehitettiin alun perin MS-DOSin käyttöliittymäksi. Ohjelmalla pyrittiin helpottamaan IBM:n tietokoneiden.
JohdantotMyn1 Johdanto Verkkopalvelun koostamiseen käytetään koosteohjelmia ja ohjelmointikieliä. Verkkopalvelun toteutus voi vaatia myös palvelinohjelmointia.
10. Abstrakti luokka Johdanto Abstrakti luokka (abstract class) poikkeaa konkreettisesta luokasta (ei-abstrakti luokka) siten, että siitä ei.
Johdanto Teppo Räisänen, Principal Lecturer Oulu University of Applied Sciences, School of Business and Information Management
WMware, Wine, Win4Lin & Bochs Voiko windows-ohjelmia käyttää Linuxissa ?
Pariohjelmointi Personal SE - Vesa Oinonen. Yleistä pariohjelmoinnista kaksi ohjelmoijaa istuu saman koneen ääressä ohjelmoimassa samaa ohjelmaa Tavoitteena.
Matematiikkaa tietokoneella mikko opettaa Sagen avulla matematiikkaa ja ohjelmointia 2011,2012.
XHTML-perusteita Teppo Räisänen
Uudelleenkäyttö. Yleistä On pyritty pääsemään vakiokomponenttien käyttöön Kuitenkin vakiokomponentit yleistyneet vain rajallisilla osa-alueilla (esim.
Optimoinnin käyttö tiedonlouhinnassa
JavaStation haastaa PC:n oppilaitoksissa Pasi Häkkinen TTKK/DMI/Hypermedialaboratorio Multimedian monet muodot, Tampere-talo.
Jouni Juntunen Oulun seudun ammattikorkeakoulu Liiketalouden yksikkö
XSL & JavaScript Teppo Räisänen
Käyttäjäroolit rakennusten tietomallien tarkistamisessa
GNOME ja KDE Jani Pesu GNOME GNOME (GNU Network Object Model Environment) on graafinen työpöytäympäristö. Käytetään Unixin kaltaisissa käyttöjärjestelmissä.
Ja muut kuvankäsittelyohjelmat
GIMP ja muut kuvankäsittelyohjelmat A Linux -järjestelmät TI07TIVE Janne Räsänen.
S ysteemianalyysin Laboratorio Teknillinen korkeakoulu Esitelmä 5 – Henri Tokola Optimointiopin seminaari - Syksy 2009 Kotitehtävä 5: LEKIN-ohjelman käyttö.
VliSS-virtual laboratory in survey sampling Risto Lehtonen Jyväskylän yliopisto Matematiikan ja tilastotieteen laitos TieVie-seminaari Jyväskylä.
PHP ja MySQL PHP: Hypertext Preprosessor. PHP, johdanto Komentosarjakieli, joka on suunniteltu dynaamisen sisällön tuottamiseen verkossa PHP on sekä kieli,
Monimedian työkurssi www-teknologioiden rajoitteet Ilmari Laakkonen Huone 6535, päivystys pe 16-17
Miika Kuusinen LTY/Tietoliikenteen laitos 2003
Monimedian työkurssi www-teknologioiden rajoitteet Ilmari Laakkonen.
Palomuuri Valtteri Virtanen. Yritysten uhkakuvia Liiketietojen menetys Kyvyttömyys taata tietojen eheys Saatavuuden takaaminen Tietotekniikkainfrastruktuurin.
Radiotaajuuksien generointimenetelmä Markus Hiltunen Ohjaaja: Kai Virtanen Valvoja: Kai Virtanen Työn saa tallentaa ja julkistaa Aalto-yliopiston.
Kovalevy-liitännät Ahti Kare.
SUSE Linux. Alunperin saksalainen lokalisointi Slackwaresta Julkaistiin vuonna 1994 S.u.S.E Linux 1.0:na Myöhemmin sisällytettiin Jurix- käyttöjärjestelmä.
EV3-ohjelmointi Lumapäivät Lahti.
KNX - DALI harjoitus 2 Ryhmä ECG-ohjaukset RATKAISU
Sisältö PostgreSQL MySQL Historia yms. ORDBMS Ominaisuuksia Asennus
Aaltonen Petteri Laine Risto Nuutinen Ossi
ArcGIS 9.1 Spatial Analyst -laajennusosio
Google Docs Teppo Räisänen,
Kari Systä Tampere University of Technology / Software Systems
Esityksen transkriptio:

The Virtual Cell Software: solun toiminnan mallintamista Liisa-Ida Sorsa S Solubiosysteemien perusteet

The Virtual Cell Software Kehitetty National Resource for Cell Analysis and Modeling (NRCAM) –keskuksessa käytetään internetissä Java-pohjaisena sovelluksena mahdollistaa biokemiallisen ja elektrofysiologisen datan käsittelyn visuaalisesti

The Virtual Cell Software Mallinnettavan otuksen geometria voidaan määrittää ja visualisoida vapaasti Malliin voidaan suoraan lisätä kullekin otuksen sisäiselle oliolle reaktioita ja muita ominaisuuksia Kotisivu:

Käytännön huomioita tarvitaan Java plug-in 1.4 toimii vain Win95/98/NT/XP –käyttöjärjestelmissä ja IE- ja Netscape- selaimien uusimmissa versioissa käyttö vaatii rekisteröitymisen käyttöliittymä on yksinkertainen käyttää auttaa, jos käytössä oleva kone ei ole museotavaraa mallinnettavan datan on oltava hyvin jäsenneltyä virheilmoitukset eivät ole erityisen selkeitä user guide on kattavauser guide Mallit voivat olla julkisia

Miten kaikki toimii? Lähde:

Käyttöliittymästä: mallin luominen mallinnettava solu luodaan nappeja painamalla Model Workspace: BioModel –mallin luontiin ja sen ajamiseen

Käyttöliittymästä: geometrian muokkaaminen Geometry Editor: Kaikkien solujen ei tarvitse olla pyöreitä jokainen voi käyttää elektronimikroskopia- tuotostaan, esim: originaali segmented GIF-image

Tulokset

Yhteenveto Virtual Cell on pitkälle kehitetty mallinnustyökalu erityistä ohjelmointikokemusta ei tarvita mallinnuksen kohde on tunnettava tarkkaan geometria ei juurikaan aseta rajoituksia  empiiristä dataa voidaan testata kehitteillä olevaan matemaattiseen malliin