Näytehallintajärjestelmä

Esitys aiheesta: "Näytehallintajärjestelmä"— Esityksen transkriptio:

1 Näytehallintajärjestelmä
THL SAMWISE Näytehallintajärjestelmä THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

2 Terveyden ja hyvinvoinnin laitos - THL
Yli tuhat terveyden, hyvinvoinnin ja sosiaali- ja terveyspalvelujen asiantuntijaa työskentelee Helsingissä, Jyväskylässä, Kuopiossa, Oulussa, Tampereella, Turussa ja Vaasassa. THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

3 Näytteitä hallinnoidaan 17 yksikössä
THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

4 Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen näytekokoelmat
THL:lla on reilu 6 miljoonaa näytettä: Veri, DNA, seerumi, plasma, virtsa, kudos, hius, kynsi ja muita ihmisperäisiä näytteitä Bakteeri-, virus- ja homekantoja sekä muita mikrobiologisia näytteitä Vesi, ilma, pöly ja muita ympäristönäytteitä Eläinperäisiä näytteitä Tutkimusta, lakisääteistä, maksupalvelua, biopankkitoimintaa: Isot väestöaineistot (satoja tuhansia näytteitä/aineisto) Mikrobikokoelmat (satoja tuhansia näytteitä/aineisto) Ympäristönäytteet Pienet tutkimusasetelmat (satoja näytteitä/aineisto) Patologian näytteet, Isyysnäytteet, Huumausaine- ja alkoholinäytteet THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

5 Näytehallintajärjestelmät THL:ssa
Itse kehitettyjä, kaupallisia, exceleitä, ruutuvihkoja 2000 -luvulla ensimmäinen useamman yksikön käytössä oleva näytehallintajärjestelmä SILO Maaliskuussa 2013 THL:n johtoryhmä päätti, että THL:lle tulee yksi yhteinen näytehallintajärjestelmä Samaa järjestelmää kehitetään myös THL Biopankin tarpeisiin Mahdollisuuksien mukaan myöhemmin myös LIMS toimintoja voidaan lisätä järjestelmään 2013 loppuvuodesta saatiin kehitystiimi kasaan ja uuden yhteisen näytehallintajärjestelmän kehittäminen aloitettiin THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

6 SamWise – näytehallintajärjestelmä
THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

7 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Projekti Uusien projektien luonti Projektin tietojen katselu ja päivitys Projektikohtaisten asetusten määrittäminen mm. Projektissa käytettävät tarrapohjat Oletusarvoja näytetyypille, säiliön nimille jne. THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

8 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Näytteet Näyte ID (jokaisella putkella uniikki), näytetyyppi, jakoputken tunniste Yksittäisten näytteiden vastaanotto, näytteiden vastaanotto listalta Yksittäisten näytteiden luonti, näytteiden luonti listalta, näytteiden luonti massana Näytteiden sijoittaminen rasiaan: paikkatiedot Erilaisten tapahtumien ja ominaisuuksien lisääminen näytteelle Esim. sulanut, vastaanotettu, lähetykset Näytteiden jakaminen Näytteiden selailu ja näytteen tietojen tarkastelu Näytetyyppien hallinta THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

9 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Säiliöt Säiliö ID, säiliön tyyppi, säiliön mitat Säiliöiden luonti (yksittäin, monta, listalta) Säiliöiden sijoittaminen Säiliöiden selailu ja tietojen tarkastelu ja päivittäminen Erilaisten tapahtumien ja ominaisuuksien lisääminen säiliöille Esim. sulanut, vastaanotettu Säiliötyyppien hallinta THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

10 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Subjektit – näytteen oton kohde (ihminen, eläin, bakteerikanta, ympäristö) Subjekti ID, subjektin tyyppi Subjektien luonti (yksittäin, monta, listalta) Subjektien selailu ja tietojen tarkastelu Saanee lisää toimintoja biopankkiominaisuuksien kehityksen myötä Subjektityyppien hallinta THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

11 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Työjoukot Tallennettu lista näytteitä, rasioita, subjekteja, jolle voi suorittaa haluttuja toimintoja esim. lisätä sulatustieto kaikille työjoukon näytteille Työjoukkojen luonti, selailu, päivittäminen Kyselyt Erilaisia kyselyjä näytteistä, säiliöistä, projekteista ja niiden yhdistelmistä THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

12 SamWise – näytehallintajärjestelmä
Tulostaminen ja tarrapohjat Eri toimintojen yhteydessä voi tulostaa tarroja näytteille, säiliöille ja subjekteille Administraattorit voivat määrittää, minkälaisia tarrapohjia missäkin projektissa käytetään Käyttöoikeudet Lukuoikeuksia, tallennusoikeuksia, projektikohtaisia oikeuksia, toimintokohtaisia oikeuksia THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

13 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen
SamWise Vaatimusmäärittelyt: THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

14 Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen näytekokoelmat
THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

15 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen
Näytemerkinnät THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen

16 THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen
Näytemerkinnät THL:n näytehälytysjärjestelmä/ A. Nieminen