perustuvat geneettisiin etäisyyksiin.

Esitys aiheesta: "perustuvat geneettisiin etäisyyksiin."— Esityksen transkriptio:

1 perustuvat geneettisiin etäisyyksiin.
DNA-MERKIT DNA-merkki on alue kasvin DNA:ssa, jota monistetaan, jotta se saadaan näkyville. Jos DNA-merkki on erilainen kahdessa kasvissa, se voi tarkoittaa sitä, että alueen pituus vaihtelee, tai sitä että toisesta kasvista alue ei monistu lainkaan. Se voi myös olla emäsmuutos (ACGT). DNA-merkkien avulla voidaan tunnistaa lajikkeita silloin kun se on hankalaa tai jopa mahdotonta näkyviin ominaisuuksiin perustuen. DNA-merkkien avulla voidaan myös tutkia yksilöiden, lajikkeiden tai lajien välisiä geneettisiä etäisyyksiä (mittaavat erilaisuutta). Sukupuut perustuvat geneettisiin etäisyyksiin. SNP (emäsmuutos) DNA-merkkejä on useita erilaisia: Mikrosatelliitti (pituus vaihtelee) RAPD, AFLP, SRAP, REMAP, IRAP, ISSR… (alue monistuu tai ei monistu) Jokainen vaakaviiva edustaa tiettyä DNA-merkkiä. Laatinut: Pirjo Tanhuanpää, Luonnonvarakeskus

2 Lajikkeiden tunnistaminen
Esimerkki omenalajikkeiden DNA-merkkitiedoista. 1 tarkoittaa, että lajikkeella on DNA-merkki, 0 tarkoittaa että DNA-merkkiä ei ole. Tehtävä 1. Mikä lajike on tutkittava näyte? lajike DNA-merkki 1 DNA-merkki 2 DNA-merkki 3 DNA-merkki 4 Aholan aikainen 1 iso Kuulas Astrakaani Sokerimiron Lantun talvi Valkealan kesä Lepaan meloni tutkittava näyte Laatinut: Pirjo Tanhuanpää, Luonnonvarakeskus

3 Lajikkeiden väliset geneettiset etäisyydet
Lajikkeita A, B, C ja D on analysoitu neljällä DNA-merkillä. DNA-merkki 1 DNA-merkki 2 DNA-merkki 3 DNA-merkki 4 Lajike A 1 lajike B lajike C lajike D Sukupuun piirtämistä varten pitää laskea lajikkeiden väliset geneettiset etäisyydet. Esimerkissä lajike A ja B poikkeavat toisistaan kahden DNA-merkin osalta, joten niiden välinen etäisyys on 2. Tehtävä 2: Ohessa osittain täytetty etäisyysmatriisi, täytä puuttuvat kolme lukuarvoa! Lajike A lajike B lajike C lajike D 2 1 3 Laatinut: Pirjo Tanhuanpää, Luonnonvarakeskus

4 poikkeavat eniten muista tämän kokoelman lajikkeista.
Sukupuu Esimerkki yhdeksän raparperilajikkeen (merkitty numeroilla) sukupuusta. Lajikkeita on analysoitu usealla DNA-merkillä. Lajikkeiden välinen geneettinen etäisyys luetaan pystyviivojen kohdalta, esim. lajikkeiden 1 ja 2 geneettinen etäisyys toisistaan on 0 eli ne itse asiassa ovatkin samaa lajiketta. Toisaalta niiden etäisyys muista lajikkeista on 2.5 eli ne poikkeavat eniten muista tämän kokoelman lajikkeista. Geneettinen etäisyys Tehtävä 3: Mitkä kaksi lajiketta ovat geneettisesti lähimpänä toisiaan (paitsi 1 ja 2)? Mikä on niiden välinen etäisyys? Laatinut: Pirjo Tanhuanpää, Luonnonvarakeskus