Lataa esitys
Esittely latautuu. Ole hyvä ja odota
JulkaistuRaili Nurmi Muutettu yli 10 vuotta sitten
1
Promoottorien etsintä Jenni Hulkkonen 23.3.2005
2
Don King
3
Motivaatio uusien geenien etsinnässä transkription aloituskohdan ja promoottorin löytäminen vaikeata geenien säätely ihmisellä on kaikissa soluissaan kaikki geenit, mutta vain osa geeneistä ilmentyy joissakin soluissa jotkin geenit toiminnassa oletusarvoisesti sairauksien tutkiminen
5
Prokarioottien transkription aloitus sigma tekijä kiinnittyy RNA polymeraasiin kompleksi löytää transkription aloituskohdan
7
Eukarioottien transkription aloitus monimutkaisempi kuin prokarioottien, koska eukarioottien perimä ja systeemit monimutkaisempia geenit pakkautuneina tarvitsee saada aloituskohta esille ennen kuin voidaan aloittaa koodaus eukariooteilla tiukemmin säädelty useita säätely tekijöitä
8
Transcription factorit, TF basal factors minimi promoottori TATAA, RNA polymeraasi II, TFIIB,… upstream factors vahvistajat ja hiljentäjät variaatiot jotkut kirjaimet voivat olla erilaisia, esimerkiksi viereinen proteiini voi antaa tämän mahdollisuuden sensitiivisyys ja spesifisyys voidaan kuvailla matemaattisin mallein: matriisipohjaiset ovat spesifisempiä kuin IUPAC painomatriisit voivat ennustaa sitoutumisaffiniteettia matriisiperheet sisältävät TF:ien biologisen vaihtelevuuden
9
TFBS = transcription factor binding site lyhyt pätkä DNA:ta (5-25nukleotidiä) sitoutunut yksi tai useita transcription factoreita hyvin konservoituneita säätelykohtia: jopa 50 000nukleotidin päässä otettava huomioon myös toinen juoste voi olla myös geenin sisällä
10
DNA:han sitoutuvat domainit Zinc finger Leucine Zipper Homeodomain tärkeitä kehitysbiologiassa TATA- sitoutuva proteiini
12
CpG islands Ihmisen genomissa CpG dinukleotidit ovat harvinaisia CpG parit käyvät läpi metylaation, joka muuttaa C nukleotidia Metyloitu C voi mutatoitua hyvin suurella todennäköisyydellä T:ksi Promoottori alueet ovat CpG rikkaita Alueita ei ole metyloitu ja täten mutatoituvat harvemmin (evolutionäärisesti tärkeitä) Näitä kutsutaan CpG islandeiksi
14
Mikrosirut Promoottorien ennustamisessa käytetään hyväksi mikrosiruja sirujen avulla etsitään samalla tavalla ekspressoituvia geenejä tällä hetkellä käytännössä ainoa keino etsiä uusia transcriptio factoreita
15
Ohjelmat pelkästään sekvenssiin pohjautuvia TATA box CpG islands tulevaisuudessa 3-uloitteisuus huomioon
16
Promoottori alueen etsintä promoottori analyysi tarvitsee promoottorin sekvenssin saaminen voi olla triviaalia! meneekö vastavirta sekvenssi toisen promoottorin päälle? ohjelmia: UCSC tarvitsee RefSeq mRNA accession koodit tarjoaa valmiiksi tehdyn kokoelman vastavirta sekvensseistä LocusLink tärkeä UCSC:n käyttöön jos ei RefSeq koodeja EnsMART
17
Promoottori alueiden analyysi etsitään jo tiedossa olevia TFBS vastavirrasta The TRANSFAC database ver. 6.0 eukarioottien transkriptio tekijöiden, niiden genomiin sitoutuvien osien ja DNA sitoutumisprofiilin tietokanta Gene Regulation Match potentiaalisten transkriptio tekijöiden sitoutumiskohtien etsimiseen käyttää TRANFAC 6.0:n kirjastoa mononukleotidi painomatriiseista
18
Uusien transkriptio tekijöiden etsintä MEME Työkalu motifien etsintään DNA:sta Motif on pala sekvenssiä joka toistuu sukulais DNA sekvenssien ryhmässä Kuvaa motifeja paikkariippuvaisilla kirjaintodennäköisyys matriiseilla, jotka kertovat kuinka todennäköisiä jokainen mahdollinen kirjain on kussakin kohtaa sekvenssi pätkää Yksittäinen MEME motif ei sisällä aukkoja Aukkoja sisältävät MEME jaetaan kahteen tai useampaan erilliseen motifiin Antaa ulos yhtä monta motifia kuin on pyydetty AlignACE Käyttää Gibbs sampling algoritmiä
19
Genomatix Sovelluksella kuukausittaiset rajat Matinspector Etsii transcriptio tekijöiden sitoutumiskohtia Käyttää matriiseja sekä IUPAC kirjastoja Sisältää noin 400 sitoutumiskohtaa ElDorado Näyttää saatavilla olevan annotaation genomi alueesta Gene2Promoter Etsii ja analysoi promoottoreita Promoottoreiden suoraan hakemiseen PromoterInspector Promoottorien hyvin specifinen ennustaminen nisäkkäille Promoottori alueiden etsimiseen Suunniteltu paikantamaan potentiaalisia promoottori alueita DNAn kohdista, joita ei ole vielä annotoitu Ihmisen korkealaatuisiin promoottoreihin käytä elDoradoa tai Gene2Promoteria
20
Lähteet www.csc.fi/molbio/opetus/promoottorianalyysi www.csc.fi/molbio/opetus/promoottorianalyysi luentokalvoja Molecular Biology of the Cell
21
Kiitoksia! Kysymyksiä?
22
http://www.bio.com/pics /nucleosomes_chromati n.jpg
23
http://www.mdx.ac.uk/www/lifescienc es/alex/images/0905_2.gif
24
http://images.google.fi/imgres?imgurl=http://fajerpc.magnet.fsu.edu/Education/2010/Lectures/24_DNA_files/image014.jpg &imgrefurl=http://fajerpc.magnet.fsu.edu/Education/2010/Lectures/24_dna.htm&h=259&w=594&sz=28&tbnid=fAnLCof wn_IJ:&tbnh=57&tbnw=131&start=103&prev=/images%3Fq%3Dnucleosomes%26start%3D100%26hl%3Dfi%26lr%3D %26sa%3DN Prokaryotic DNA The main DNA in prokaryotes is a circular molecule attached to the plasma membrane. Some DNA is organized in smaller circles called plasmids. 90% of the genome consists of functional genes, i.e. genes coding for proteins. Genes coding for a metabolic pathway are lumped together into an operon. Eukaryotic DNA: Prokaryotic DNA is a relatively simple circular molecule. In eukaryotes, DNA is associated with proteins to form a complex called chromatin. Chromatin A variety of proteins form part of this complex: Histones are small, basic, structural proteins that bind to negatively charged phosphate groups. They show a highly conserved structure (homology) between higher and lower organisms. Nonhistones are regulatory proteins(leucine zippers; zinc fingers).
25
Promoottori Ennen geenin transkription alkamista tarvitaan useita prosesseja ennen kuin varsinainen luenta voidaan aloittaa
26
Nucleosomes DNA is tightly wrapped around a protein core made of basic protein (histones). Each repeating unit (nucleosome) consists of 200 base pairs, which shortens the length of DNA by about 10-fold. The space between nucleosomes is a site for binding of regulatory proteins that initiate DNA replication or transcription. DNA appearing as a string of beads (nucleosomes) is an active form of DNA and is called euchromatin. Coiled nucleosomes In order to shorten DNA further (the shorter the strand the less likely it is to get entangled with other strands), nucleosomes are supercoiled like rope. In this form, DNA is inactive, proteins reading DNA are sterically hindered by the dense further packing of chromatin. The inactive state of DNA is referred to as heterochromatin. Extended chromatin That’s not enough. The “rope” of coiled nucleosomes folds over in pleats, forming an extended chromatin. The folds are held by nonhistone binding proteins. Condensed chromatin The folded fiber can be folded again, generating condensed chromatin. Chromosome Finally, condensed chromatin folds again to form a chromosome. This most condensed form of a single DNA molecule occurs only during cell division.
27
Kolme perusmekanismia
Samankaltaiset esitykset
© 2024 SlidePlayer.fi Inc.
All rights reserved.