Kuutäpläkehrääjän (Cosmotriche lobulina)- aineiston BAR-koodauksen digitointiosuuden suunnittelu Hanna Araja-Matilainen.

Esitys aiheesta: "Kuutäpläkehrääjän (Cosmotriche lobulina)- aineiston BAR-koodauksen digitointiosuuden suunnittelu Hanna Araja-Matilainen."— Esityksen transkriptio:

1 Kuutäpläkehrääjän (Cosmotriche lobulina)- aineiston BAR-koodauksen digitointiosuuden suunnittelu Hanna Araja-Matilainen

2 Projektityö koostuu kuutäpläkehrääjän kokoelmayksilöiden DNA-näytteenotosta, digitoinnista sekä uusien työvaiheiden käytännön suunnittelusta ja käytännön toteutuksesta Yhteistyössä Oulun yliopiston Marko Mutasen koordinoiman FinBOL- hankkeen kanssa (osa International Barcode of Life, iBOL-projektia). FinBOL- hanke tähtää Suomen eliöstön kattavan DNA-lajitunniste- eli DNA-viivakoodikirjaston luomiseen. DNA-näytteiden sekvensointi tapahtuu hankkeen kautta Näytteiden kuva-aineisto ja tallennetut keräystiedot Digitariumin kautta Aineisto koostuu Hannu Saarenmaan (51 kpl), Veijo Mannelinin (20 kpl) ja Robert von Bonsdorffin (6 kpl) kokoelmayksilöistä. Lisäksi aineistoon liitetään Marko Mutasen Oulussa jo sekvensoitujen kokoelmayksilöiden tiedot

3 Projektityössä tähdätään lajin nimimuodon (C. l. ssp. lobulina (Denis & Schiffermüller, 1775)) ja alalajin (C. l. ssp. junia Saarenmaa 1982) lajiselvitykseen ssp. junia muistuttaa ulkomuodoltaan ja kaksivuotiselta kehitykseltään Alpeilla elävää ssp. burmannia. Nimilaji ssp. lobulina aikuistuu vuodessa. ilmasto-olosuhteet vaikuttavat alalajien elinkiertoon, lentoaikaan ja kokoon ssp. lobulina ES: Ruokolahti 30. 7. 1971 coll. Hannu Saarenmaa ssp. junia EH: Ruovesi 14. 6. 1979 coll. Hannu Saarenmaa ssp. junia (pohjoinen) PK: Ilomantsi; Kivivaara 2. -15. 8. 2008 coll. Hannu Saarenmaa

4 Cosmotriche lobulina levinneisyyskartta http://hyonteiset.luomus.fi/insects/main/EntDatabase.html#search-LEP ssp. junia (pohjoinen muoto) ssp. junia ssp. lobulina

5 http://hyonteiset.luomus.fi/insects/main/EntDatabase.html#search-LEP ssp. juniassp. junia (pohjoinen) ssp. lobulina

6 Aluksi DNA-näytteenotto Sitten Digitariumin digitointiprosessi: 1) Näytteiden kuvaus 2) Etikettitietojen tallennus 3) Tietojen varmennus

7 Näytteenotto ja perhosten kuvaus tehtiin pienissä sarjoissa

8 Jalan irrottaminen Eppendorf- tuubiin

9

10 Näytteenoton jälkeen perhonen kuvattiin Kamera: Nikon D3 s Objektiivi: Nikon AF-S Micro Nikkor 105 mm F-luku: aukko 22 Valotus: 1/20

11 Etikettitietojen tallennus JJ Client- ohjelmistoon Tiedot syötetään BOLD- tietokantaan

12 Monipuolinen tietokanta ja DNA- sekvenssien analyysityökalu Digitariumin JJClient- sovelluksen xml- etikettitiedot avataan BOLD:in omalle Excel-pohjaiselle lomakepohjalle ja tiedot syötetään BOLD- tietokantaan. Lomake sisältää: – yksilöiden keräystiedot – taksonomisen tiedon Lisäksi voidaan liittää – valokuvat – DNA-viivakoodit – LimS raportit (Laboratorion tietojärjestelmä) Näytteen omistaja voi BOLD iin rekisteröidyttyään päästä katsomaan ja analysoimaan tuloksia; esim. yksilöiden tunnistaminen vapaasti käytettävän Identification Engine - toiminnon kautta Barcode of life data systems (BOLD)

13 Suunnitteilla on, että jatkossa JJ Client tuottaa Excel- taulukoita automaattisesti

14 Näytteet on kuvattu ja etikettitiedot on tallennettu BOLDiin on luotu taxonomy of C. lobulina -projekti Tiedot siirretään BOLD- tietokantaan Näytteet lähetetään Ouluun (mukaan liitetään Oulussa sekvensoitujen kokoelmayksilöiden tiedot) FinBOL- projektin näytteet lähetetään analysoitavaksi Kanadaan (Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph) ja lajitunnistetiedot valmistuvat talvella 2012 Loppuraportissa ohjeistukset Digitariumille (näytteenotto yhdistettynä digitointiprosessiin, tiedonsiirto BOLD:iin) Tähän mennessä

15 Lähteet ja linkit: Saarenmaa, H. 1982: Taxonomy and ecology of Cosmotriche lunigera (Lepidoptera, Lasiocampidae) in Finland, with a description of a northern subspecies/Notulae Entomologicae : 1982: 62: 97-109 DNA-viivakoodit, iBOL, BOLD ja DNA-viivakoodaus Suomessa/Marko Mutanen http://www.luomus.fi/opetus/digitointiseminaari2010/Digiseminaari2010_Mutanen.pdf iBOL http://ibol.org/ BOLD http://www.boldsystems.org/views/login.php the Fourth International Barcode of Life Conference 28 November - 3 December 2011 ttp://www.dnabarcodes2011.org/ Tietotekniikkakoulutus BOLD DNA- barcoding- menetelmäkoulutus