HIV-1 Nef Rakenne ja toiminta

Esitys aiheesta: "HIV-1 Nef Rakenne ja toiminta"— Esityksen transkriptio:

1 HIV-1 Nef Rakenne ja toiminta
Anne Pihlajaniemi Noora Sirén

2 HIV-1 T-auttajasolut isäntänä
9 geeniä rakenneproteiineja (viruspartikkeleissa) 6 säätelyproteiinia (isäntäsolussa) Viruksen elinkaari ( Nykyiset HIV-lääkkeet inhiboivat viruksen entsyymejä kuten proteaaseja ja käänteistranskriptaasia DNA-rokotteita ja uusia inhibiittorilääkkeitä on kehitteillä

3 Nef proteiinin tehtävät
Muuttaa isäntäsolun signalointireittejä Vähentää CD4 ja MHC I reseptorien määrää soluissa Lisää viruksen infektiivisuutta

4 Nef proteiinin rakenne
Nef proteiinin geeni HIV-1, HIV-2 ja SIV viruksissa luetaan säätelyproteiineihin, vaikka läsnä myös virioneissa 27 kDa HIV-1:ssä Rakenne lähes kokonaan määritetty röntgensädekristallografialla ja NMR-spektroskopialla Aminopäässä joustava ankkuridomeeni (ah 1-57) translaation jälkeinen myristylaatio 2 alfa-kierrettä Karboksipäässä kompakti ydindomeeni (ah ) poly-Proliini kierre alfa-beta rakenne joustava looppi (rakennetta ei ole voitu määrittää)

5 Kuva 1. Nef rakennemalli

6 Nef proteiinin toiminta
Nef:llä on yli 30 interaktioproteiinia isäntäsolussa Sitoutumiskohdat osittain päällekkäisiä Interaktioiden täytyy tapahtua virussyklin eri vaiheissa Joustava N-pää ja C-pään looppi voivat muuttaa konformaatiota translaation jälkeinen modifiointi tarttuminen ligandiin tai solukalvoon aukinainen ja suljettu rakenne

7 Kuva 2. Rakennemuutokset Nef-syklin aikana

8 Han-2 HIV-1 Nef analyysi 3D rakennemallinnus: SWISS-MODEL
vaatii > 25 % homologian PDB:stä löytyvän templaatin kanssa antaa tuloksen pdb-koordinaateissa Nef:lle löytyi kuusi templaattia, joiden homologiat välillä 78.5 ja 89.7 % Ydindomeeni konservoitunein N-pää puuttuu mallista Sekundäärirakenneanalyysi: GOR4 perustuu eri aminohappojen todennäköisyydelle tietyssä sekundäärirakenteessa, ei etsi homologisia proteiineja luotettavuus heikko Hydrofobisuusanalyysi: ProtScale perustuu aminohapoille annettuihin hydrofobisuusarvoihin ei kerro mitkä alueet ovat pinnalla ja mitkä haudattuna

9 Kuva 3. SWISS-MODEL -malli
C 206 N 59 flexible loop PxxP Kuva 3. SWISS-MODEL -malli

10 Kuva 4. Sekundäärirakenne-ennuste

11 Kuva 5. Hydrofobisuusanalyysi

12 Kysymyksiä?