Molekyylien visualisointi

Esitys aiheesta: "Molekyylien visualisointi"— Esityksen transkriptio:

1 Molekyylien visualisointi
Jaakko Kuurne, Niko Lankinen

2 Johdanto monipuoliset ohjelmistot saatavilla ilmaiseksi
yhteensopivuusongelmia vaatii teoriaa pohjalle havainnollisuus ohjelmat jatkuvasti päivittyviä

3 BioDesigner molekyylien mallintamiseen ja visualisointiin tarkoitettu ohjelma vapaasti saatavilla toimii windows-ympäristöissä uusin versio ilmestynyt kesäkuussa 2002 suhteellisen selkeä käyttöliittymä monipuolinen dokumentointi kuitenkin suppea ei aina toimi kaatuilee

4 Aihe yksi Lisätietoja aiheesta. Aihetta tukevia lisätietoja ja esimerkkejä. Kuinka asia liittyy yleisöösi.

5

6

7 Aihe kolme Lisätietoja aiheesta.
Aihetta tukevia lisätietoja ja esimerkkejä. Kuinka asia liittyy yleisöösi.

8 Tositapahtuma Kerro esimerkkitapaus tai todellisuuteen perustuva anekdootti. Osoita myötätuntoa yleisön tilannetta kohtaan, jos se on tarpeellista.

9 Mistä on kysymys Lisää lopuksi selkeä lausunto, jossa on tiivistettynä oma kantasi tähän aiheeseen. Kertaa esityksen pääkohdat, jotka haluat yleisön muistavan.

10 Protein Explorer vaatii Chimen toimiakseen
toimii selaimessa( = ie:ssä) helppokäyttöinen yhdistää Chimen ja RasMolin ominaisuuksia toimii hitaammillakin koneilla aloittelijalle selvästi mukavin ohjelma

11 Deep View – Swiss-PdbViewer
laaja helppokäyttöinen osaa periaatteessa katsoa suoraan netistä pdb:t(tosin kaatuu, kun näin yrittää tehdä) raskas hyvä dokumentointi suppeahko visualisoinnin suhteen

12

13

14 PyMOL hyvin monipuolinen suhteellisen helppokäyttöinen kaatuilee
”raskaan sarjan ohjelma” myös animaatiot onnistuu

15

16

17 Chimera monipuolinen helppokäyttöinen
visualisoinnin näkökulmasta puutteellinen raskas dokumentaatio kunnossa

18

19 Muita (todistettavasti toimivia) ohjelmia Windows-ympäristöön:
Chime MolMol Jmol Jmv Molden RasMol

20 Lisää softaa(unixille):
Cactvs Flex FlexV Garlic Grasp