Mikrobiologian uusia tuulia

Esitys aiheesta: "Mikrobiologian uusia tuulia"— Esityksen transkriptio:

1 Mikrobiologian uusia tuulia
Sairaalamikrobiologi Maija Korkeila/Eksote Bioanalyytikot

2 Mikrobiologia Bakteerit Virukset Sienet (hiivat ja rihmasienet)
Parasiitit

3 Kliininen mikrobiologia
Robert Koch ( ): Bakteerit aiheuttavat tauteja Bakteereja voidaan kasvattaa kehon ulkopuolella Nobel 1905

4 Bakteeridiagnostiikka
Kulmakivi: viljely maljoille -> tunnistus, herkkyys Bakteerit kasvavat maljoilla tietyn näköisinä (ja hajuisina) pesäkkeinä Selektiiviset maljat: vain osa bakteerilajeista tai - kannoista kasvaa Kromogeeniset maljat: bakteerit kasvavat tietyn värisinä, vain osa kasvaa

5 Tunnistusmaljat: esim. eskuliinimalja enterokokkeille
Gram-värjäys: gram-positiiviset/gram-negatiiviset, sauvat/kokit Biokemialliset testit: Pöytätestit: esim. katalaasi, oksidaasi, streptokokkien ryhmitystestit Putkitestit, yleensä yön yli API-liuskat (1970-luku), yleensä yön yli VITEK : 6h – 18h

6

7 Mikä tässä on hyvän laboratoriokäytännön vastaista?

8 VITEK API 20E

9 Antigeenitestit Virukset: esim. influenssa, adenovirus, rotavirus, RS-virus, noro Bakteerit: esim. pneumokokki, legionella Todetaan mikrobin osa (antigeeni) näytteestä vasta-aineen avulla Ei tarvita eläviä mikrobeja Herkkyys jopa vain 50% (= 50 % vääriä negatiivisia) (Voi olla myös vääriä positiivisia), ristireaktiot Tulkinta joskus vaikeaa

10 Mutkia matkassa Maanantai Näyte otetaan klo 16 Tiistai Näyte viljellään maljoille Keskiviikko Jatkot ( tunnistus 0h -> ) Mahdollisesti alustava vastaus Torstai Tunnistus ja herkkyys valmiina Perjantai

11 Eikö ole mitään nopeampaa, varmempaa?
PCR ja muut geenimonistusmenetelmät Massaspektrometri Kokogenomisekvenointi Virtsaviljely: partikkelilaskenta seulontamenetelmänä Viljelyautomaatit

12 Virtsaviljely, partikkelilaskenta
Virtaussytometria (esim. Sysmex UF-500 , UF-1000) Bakteerimäärä, leukosyyttimäärä, ikä, sukupuoli negatiiviset positiiviset viljely

13 Viljelyautomaatit

14

15 Uudet tuulet bakteerien tunnistuksessa

16 PCR polymerase chain reaction
1971 PCR:n kaltainen menetelmä (-> Nobel) 1980-luvun alku: PCR käytännön tasolle (-> Nobel) monistuksen kohteena haluttu geenipätkä nykyisin yleensä real-time-PCR

17 Real-time PCR Monistuksen kohde ( DNA- templaatti) Aluke (primer)
Polymeraasientsyymi: monistaa kohde-DNA:n dNTP:t eli deoksinukleotidit : adeniini, tymiini, cytosiini, guaniini Fluoresoiva merkkiaine: monistettavan tuotteen määrää seurataan reaaliaikaisesti

18 1.Denaturaatiovaihe 2. Alukkeiden liittymisvaihe (annealing) 3. Pidentymisvaihe (elongation)

19 Sisäiset kontrollit

20

21 Meillä GeneXpert

22

23

24 Meillä GeneXpert Influenssa (A, H1N1, B) Norovirus
Mycobacterium tuberculosis (+ rifampisiini-resistenssi) Klamydia-tippuri Clostridium difficile-toksiini MRSA - 1h- 1,5h - hinta euroa/testi - laite: noin e/testimoduuli

25 Massaspektrometri, Maldi-tof
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-Of-Flight Pesäkkeestä otetaan massaa ”kuoppalasille” Tulos yhdessä minuutissa Laite noin e Huolto noin e /v mm. reagenssisäästöt Noin 0,50 e/testi Lisäkuvat liitteenä

26

27 Mutkia matkassa Maanantai Näyte otetaan klo 16 Tiistai Näyte viljellään maljoille Keskiviikko Jatkot ( tunnistus 0h -> ) Mahdollisesti alustava vastaus Torstai Tunnistus ja herkkyys valmiina Perjantai

28 Kokogenomisekvenointi
WGS, whole genome sequencing 90% genomin emäsjärjestyksestä määritetään Nykyisin viljelmästä, tulevaisuudessa suoraan näytteestä! Resistenssiomaisuudet (esim. MRSA) Tyypitys -> epidemiaselvitykset Esim. M.tuberculosis: Nykyisin lajimääritys + herkkyys kestää useita viikkoja WGS: pari päivää euroa/tutkimus Tulee todennäköisesti korvaamaan ainakin osan nykymenetelmistä

29 Mikrobiologian laboratorio Eksotessa tulevaisuudessa?